El juego es una continuación de Crash N. Sane Trilogy, ignorando el cuarto título principal original, La venganza de Cortex. Tras su derrota a manos de Crash Bandicoot en Crash Bandicoot: Warped, Uka Uka intenta liberarse a sí mismo ya los Doctores Neo Cortex y Nefarious Tropy de su prisión en el pasado.
